Yann Thoma est né en 1977 à Genève. Il a suivi des études en informatique à l'EPFL et a obtenu un diplôme d'ingénieur informaticien EPF en 2001. Il s'est spécialisé dans les systèmes reconfigurables lors d'une thèse de doctorat, réalisée au Laboratoire de Systèmes Logiques de l'EPFL. Sa thèse a été financée par le projet européen POEtic. Dans ce cadre, il a travaillé à la conception d'un nouveau type de FPGA offrant des nouveaux mécanismes de configuration dynamique.
Il obtient sa thèse en 2005, et commence alors à donner des cours de systèmes logiques et de systèmes numériques à l'Ecole d'Ingénieurs de Genève (l'actuelle hepia). 50% de son temps y sera consacré jusqu'en 2009. En parallèle, il travaille, de 2006 à 2007 pour le Groupe de Physiques Appliquées de l'Université de Genève. Il y est en charge de la réalisation de la partie FPGA d'un nouveau système de cryptographie quantique visant à proposer un échange de clé tirant parti des caractéristiques des photons.
Fin 2006 il est engagé comme chercheur post-doctoral à la HEIG-VD, afin de travailler sur le projet Perplexus, dans lequel il est responsable d'une partie de la conception d'un nouveau circuit reconfigurable, ainsi que des outils logiciels permettant son exploitation.
A partir de janvier 2009, il est engagé comme professeur au sein du REDS. Ayant travaillé autant sur des parties logicielles que matérielles, il donne actuellement des cours ayant trait à ces deux pendants des systèmes informatiques. Il est également engagé dans divers projets mêlant le matériel et le logiciel.
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