TrustStick fonctionne avec un Linux embarqué complet permettant le déploiement d'une large palette d'applications comprenant le monitoring, la gestion de mots de passes, des utilitaires de surveillance, etc.) ainsi que des frameworks complets nécessitant de la sécurité. Le système gère également le retirement du stick "à chaud" en maintenant les données dans un état cohérent. La sécurisation intervient à tous les noveaux, du processus de démarrage (bootstrap) aux applications utilisateurs.
TrustStick se base fortement sur la technologie ARM TrustZone nécessitant l'utilisation d'un moniteur sécurisé permettant la gestion de clés de chiffrement dans des zones de stockage protégées.